艾滋病、性病防治是各级疾控中心的重要职责之一，当前我市艾滋病发病每年以近30%的速度上升。根据艾滋病防治有关法规和防治业务规范要求，市疾控中心承担艾滋病疫情报告、感染者及病人的随访管理、重点人群艾滋病监测、高危行为干预、艾滋病自愿咨询检测、艾滋病人免费抗病毒治疗和母婴阻断治疗、职业暴露事件调查处理、艾滋病病毒初筛检测等防治任务。

2009年以来，我中心开展重点人群HIV抗体检测5000余人，自愿咨询检测600余人，开展针对暗娼干预活动3次。并开展对所有感染者和病人随访管理工作。2010年，据省疾控中心要求，我市已成为中国全球基金项目的覆盖地区，温州市疾控中心已制定了该项目工作方案，开展暗娼、注射吸毒者、男男性行为者等高危人群干预。方案要求承担项目的疾控中心必须设立专门艾滋病防治机构，目前我中心专职工作人员严重不足。随着工作任务和外展工作要求的提高，人员配置已远不适应艾滋病防治工作的需要，不利于工作水平的进一步提升。同时根据卫生部办公厅文件“在各级疾病预防控制中心建立高危人群干预工作队，县级工作队可设置工作人员6-12名的要求”，为此特报告上级卫生行政部门要求在市疾控中心设立艾滋病防治科。